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有调查显示，今年小企业主在享受结构性减税红利的同时，相关行政性收费却出现不小幅度的增长，一些中小企业整体税费负担甚至较以前更重，挫伤了他们的投资积极性。
近期财政收入同比增速出现下滑，但与财政收入下滑出现鲜明对比的是，地方的非税收入出现暴增趋势。前三季度，在全国税收收入增幅比去年同期大幅回落18.8%的同时，地方非税收入达10344亿元，同比增长27.8%.
非税收入的主要形式是“收费”，包括行政事业性收费、彩票公益金、国有资源有偿使用收入、罚没收入、捐赠收入、主管部门集中收入、财政资金产生的利息收入等。对于近期非税收入的增长，财政部门认为，这主要是受地方探矿权、采矿权价款收入集中入库以及加强国有资源（资产）有偿使用收入等征管影响。
但分析人士称，在一些地方公布的增长的非税收入中，可以看出罚没收入占了相当大的比重。以个别省份为例，前三季度税收收入同比增幅仅为个位数，而罚没收入同比增幅高达三成。
对此，一些中小企业人士认为，小型企业和微型企业整体税负高于其他企业。
分析人士称，非税收入的逆势增长一定程度上抵消了结构性减税为广大中小企业带来的福利。因此，取消不合理、不合法的涉企收费项目与落实好各项税费减免政策一样重要和迫切。尽管中小企业和大企业的适用税率基本相同，但中小企业多处于竞争性领域，利润较为微薄，中小企业对税费负担更为敏感。
分析人士建议，应继续加大费改税力度，通过深化财税体制改革，初步建立起以税收为主，少量的、必要的政府收费为辅的政府收入体系。进一步取消不合理的行政事业性收费项目，用减免登记费、注册费等方式鼓励创业，从严查处加重中小企业负担和侵害中小企业权益的行为。
