合伙企业以每一合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，按照“个体工商户的生产、经营所得”项目缴纳个人所得税；合伙人是法人或其他组织的，由法人或其他组织缴纳企业所得税。
《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）及《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户、个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税〔2008〕65号）的有关规定执行。
合伙企业的利润无论是否分配，均需在年末办理汇算清缴，计算应纳税所得额。合伙企业的亏损，不得冲减法人的生产经营所得，而应由合伙企业用以后5年的税前所得弥补，合伙企业应纳税所得额大于零的，合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
1.合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
2.合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
3.协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
4.无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
法人企业作为合伙企业出资人的，在申报所得税时对合伙企业归属于本企业的应纳税所得额，作纳税调增处理。
合伙企业对外投资取得的利息、股息、红利所得，不并入合伙企业的生产经营所得，而应当按照上述分配原则进行分配，其中属于自然人合伙人应得的利息、股息、红利所得，由支付的单位负责代扣代缴个人所得税，属于法人合伙人应得的利息所得，并入法人当年的生产经营所得总额征税。属于法人合伙人的股息、红利所得，并入法人当年的收入总额，按照股息、红利所得的有关规定处理。
实行查账征收方式的合伙企业，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
在计算合伙企业生产经营所得的应纳税所得额时，除了要注意收入、支出的各个方面是否真实准确外，应特别注意：1.合伙企业是否严格按照权责发生制原则确定其收入和支出；2.合伙企业自然人业主的费用扣除标准是否超过税法规定标准，合伙企业从业人员的工资是否据实扣除；3.合伙企业在生产、经营期间借款的利息支出的扣除，是否具有合法证明，是否超出金融机构同类、同期贷款利率计算的数额；4.合伙企业购置税控收款机的支出，是否按照省、自治区、直辖市地方税务局确定的期限进行扣除；5.合伙企业发生的与生产经营有关的财产保险、运输保险以及从业人员的养老、医疗及其他保险费用支出，是否按国家有关规定标准计算扣除；6.合伙企业的公益性捐赠支出是否超过了税法规定的标准；7.合伙企业的年度经营亏损，是否按照规定进行了弥补。
凡实行查账征收办法的，生产经营所得按照《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》的规定确定。但下列项目的扣除依照以下规定执行：
1.从2008年3月1日起，对合伙企业的自然人业主费用扣除标准统一确定为24000元/年（2000元/月）。2008年1月~2月，业主费用扣除标准仍然执行1600元/月。
2.业主的工资薪金支付不得扣除。从2008年1月1日起，合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。
3.从2008年1月1日起，合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资、薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除。
4.从2008年1月1日起，合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15%的部分，可据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
5.从2008年1月1日起，合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。
6.投资者及其家庭发生的生活费用不允许在税前扣除。投资者及其家庭发生的生活费用与企业生产经营费用混合在一起，并且难以划分的，全部视为投资者个人及其家庭发生的生活费用，不允许在税前扣除。
7.企业生产经营和投资者及其家庭生活共用的固定资产难以划分的，由主管税务机关根据企业的生产经营类型、规模等具体情况，核定准予在税前扣除的折旧费用的数额或比例。
8.企业计提的各种准备金不得扣除。
对合伙企业实行核定征收方式的，应当按照《财政部、国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）规定的方法计算应纳税所得额，其中实行核定应税所得率征收方式的，应纳所得税额的计算公式如下：
应纳所得税额＝应纳税所得额×适用税率
应纳税所得额＝收入总额×应税所得率
或，应纳税所得额＝成本费用支出额÷(1－应税所得率)×应税所得率。
